Requality

Обычно очень заметно, если удалялся или копировался не листовой узел.
Пример:
0. Есть узлы

001
002
--003

1. Копируем узел 002 и вставляем в 001. Получаем:

001
--002
----003
002
--003

2. Делаем Undo.

Видим:

001
002

Ожидаем:

001
002
--003

В других ситуациях могут по-другому некорректно отображаться узлы. Может просто не отобразится изменение.

3. Нажатие Refresh на проекте не помогает.
Помогает Clear caches and run checkers.