Requality

Для воспроизведения нужно перезапустить Eclipse с уже существующим проектом и не разворачивать после этого узел Documents.

Проект: есть документ, в котором отмечен один фрагмент, принадлежащий требованию 001.
Действия:
0. Перезапускаем Eclipse, как описано выше.
1. Копируем требование 001 и вставляем на узел Requirements. В появившемся диалоговом окне соглашаемся с переименованием - OK. Создается требование 002.
2. Разворачиваем узел Documents.
Видим, что в нем только один фрагмент с названием 002.
3. Смотрим в Properties view вкладку Description поле Locations. Для требования 001 там будет только отображаться документ, но без фрагмента:
.
Для требования 002 будет виден документ с фрагментом:

4. Перезапускаем Eclipse, как описано выше.
5. Повторяем еще раз пункт 1. Видим, что создалось требование 003.
6. Разворачиваем узел Documents.
Видим, что в нем только один фрагмент с названием 003.
7. Смотрим в Properties view вкладку Description поле Locations. Для требований 001 и 002 там будет отображаться только документ без фрагмента.
Для требования 003 будет виден документ с фрагментом.

Если делать все то же самое, без перезапуска и с открытыv узлом Documents (или можно открыть его и закрыть), то все работает корректно. Имя фрагмента меняется при копировании требования, то есть получает в качестве имени список всех своих требований, например, "001, 002". И в Properties view фрагменты отображаются для всех своих требований.

Еще одна ситуация по тем же, предположительно, причинам. Описываю ее потому, что в ней появляются orphan фрагменты. Это может быть критично.

Проект: есть документ, в котором размечено 3 фрагмента. Два из них принадлежат требования 001, один фрагмент - требованию 002.
0. Перезапускаем Eclipse и не разворачиваем после этого узел Documents.
1. Копируем требование 001 и вставляем на узел Requirements. В появившемся диалоговом окне соглашаемся с переименованием - OK. Создается требование 003.
2. Разворачиваем Documents. Видим:

Ситуация с перетаскиванием
Проект: В проекте есть два одноуровневых требования 001 и 002. Каждое из этих требований имеет фрагмент в документе.
0. Перезапускаем Eclipse, как описано выше.
1. Перетаскиваем требование 002 на 001.
Видим, что требование перенеслось.
Разворачиваем в Requality Explorer документ и открываем его. Видим, что оба фрагмента в нем стали orphan, хотя разметка сохранилась.